| Example Alignment |
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| • | Consider |
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| RHYPGDFSPA |
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| • | part
of human hemoglobin |
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| theta
chain |
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| ARFPADFTAE |
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| • | human
zeta chain |
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| • | Which
is alignment is better? |
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| RHYPGDFSPA |
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| ARFPADFTAE |
||||||||||
| or |
||||||||||
| -RHYPGDFSPA- |
||||||||||
| ARF-PADFT-AE |
||||||||||
| where
“-” denotes a gap |
||||||||||
| caused
by deletion or |
||||||||||
| insertion |
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| CS409 - Spring
2000 |
| 10 |